Фамилия Сарафанкина образована от прозвища или нецерковного имени Сарафан. В основе лежит слово «сарафан» — известный с XIV века вид русской женской одежды, заимствованный через тюркские языки из персидского (буквально «почётная одежда»). Прозвище Сарафан могли дать человеку, который носил такую одежду, шил её или торговал ею, но ещё вероятнее — как ироничное именование мужчины, любившего наряжаться или щеголявшего не по чину. В старину сарафан был не только крестьянской, но и боярской одеждой, так что прозвище могло отражать и пристрастие к старомодному, «русскому» платью в эпоху, когда знать уже переходила на европейский костюм.

Суффикс -ин указывает на принадлежность к роду: Сарафанкин — «сын Сарафана» или «из семьи Сарафана». Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин широко распространены. Встречаются и однокоренные фамилии: Сарафанов, Сарафанников, Сарафаниди (последняя — греческого происхождения, от того же корня). Форма Сарафанкина — женский вариант, который в русской традиции закрепился за женщинами как неизменяемая часть паспортных данных, хотя исторически это притяжательное прилагательное.

Интересно, что прозвище Сарафан могло закрепиться и за человеком, который происходил из мест, где сарафан был обязательной частью обрядовой одежды — например, в Рязанской или Тульской губерниях. В некоторых говорах «сарафанником» называли бедного крестьянина, который носил один и тот же сарафан годами, так что прозвище могло иметь и бытовой, слегка пренебрежительный оттенок. Фамилия не относится к числу знатных или дворянских: её носители в массе своей — выходцы из крестьянской и мещанской среды, что подтверждается данными переписей XIX века, где Сарафанкины встречаются преимущественно в Поволжье и центральных губерниях.