Фамилия Себиченко — один из ярких примеров украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках массово вытесняла более древние патронимы на -ич. Суффикс -енко в буквальном смысле означал «маленький» или «сын», так что носитель фамилии — потомок человека по имени или прозвищу Себич, Себик или Себ.

Основа «Себ-» неочевидна и вызывает споры. Самая вероятная версия ведет к украинскому диалектному глаголу «себити» — то есть «делать своим, присваивать». В таком случае прозвище Себ мог получить человек запасливый, хозяйственный, который всё тащил в дом. Менее распространенное объяснение связывает корень с тюркским «себи» — «любимый, милый», что указывало бы на ласкательное обращение. Но для украинской антропонимии тюркские заимствования в основе нехарактерны, поэтому версия с «себити» выглядит предпочтительнее.

Словообразовательная цепочка выглядит так: прозвище Себ или Себич → отчество Себиченко, то есть «сын Себича». Форма на -ченко, а не на -енко, возникла из-за того, что основа оканчивается на шипящий «ч»: Себич + енко дало Себиченко. Такая модель типична для центральных и левобережных областей Украины — Полтавщины, Черниговщины, Сумщины.

В России фамилия встречается редко и, скорее всего, попала туда в результате миграций малороссийского казачества или крестьян в XIX–XX веках. Сословная принадлежность первых носителей не зафиксирована в открытых источниках, но массовый характер фамилий на -енко говорит о том, что предки Себиченко были простыми людьми — казаками или мещанами, а не дворянами.

Фамилия сохранила редкую основу, не перешедшую в массовые прозвища, что делает её ценной для историков языка: она зафиксировала диалектное слово, которое в современном украинском почти не употребляется.