Фамилия Себин — редкий пример, когда основа, скорее всего, не тюркская и не славянская, а восходит к библейскому или греческому имени через крестильную форму. В русской традиции фамилии на -ин образуются от основ на -а/-я, и здесь мы видим именно такой случай: Себ-ин, где суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын Себы).

Самая вероятная версия — происхождение от канонического имени Сева. Церковное имя Сева (греч. «почтенный», «досточтимый») в народном произношении могло дать форму Себа — через замену «в» на «б» под влиянием диалектов или просторечия (ср. «Савелий» и просторечное «Сабель»). От этой обиходной формы и возникло отчество Себин, то есть «сын Себы». Менее распространённая, но возможная гипотеза — связь с греческим именем Севин (Sébēnos), которое тоже могло сократиться до Себа.

Что интересно: фамилия почти не встречается в центральных русских губерниях, зато фиксируется в южнорусских и украинских областях, а также у старообрядцев. Это намекает на то, что имя Сева (в форме Себа) могло бытовать в среде, где сохранялись архаичные или местные варианты крестильных имён. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унгабеуна) Себин не упоминается как массовая — это редкая, «штучная» фамилия, что делает её особенно ценной для генеалогии: предки, скорее всего, жили компактно, в одном селе или волости.

Прозвищная версия (от диалектного «себ» — себя, свой) маловероятна: в русских говорах нет устойчивого прозвища «Себа» со значением «свой человек» или «себялюб». Такие модели образования для русских фамилий нетипичны. Поэтому опора на крестильное имя остаётся основной и самой логичной.