Фамилия Сеенов — одна из тех, где на первый взгляд ясный корень оборачивается несколькими версиями. Основная сложность в том, что перед нами, скорее всего, не «Сенов» (от слова «сено»), а именно «Сеенов» — с двойной «е». Такое написание указывает на стяжение: фамилия могла возникнуть из формы Сеен, которая, в свою очередь, является краткой производной от крестильного имени Семён (в просторечии — Семен, Сеня). В говорах, где «е» под ударением звучит как «ё», или при акающем произношении, имя Семён могло трансформироваться в Сеён, а от него — отчество Сеёнов. При записи в документах двойное «е» закрепилось как графическая норма: Сеенов.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским именем Сен (например, от «сен» — «ты» в значении обращения, или как часть сложных имен). В таком случае фамилия могла принадлежать выходцам из татарской или башкирской среды, где суффикс -ов присоединяли к тюркским основам. Однако в русской ономастике фамилия Сеенов встречается преимущественно в южных и центральных регионах России, что делает «русскую» версию от Семёна более правдоподобной.

Суффикс -ов указывает на типичную модель образования отчества: «чей?» — «сын Сеена». То есть предок носителя фамилии носил прозвище или сокращённое имя Сеен (от Семён). В XVII—XIX веках такая модель была основной для крестьян и мещан, поэтому сословная принадлежность предков — скорее всего, крестьянская или однодворческая.

Интересно, что фамилия Сеенов не имеет распространённого варианта «Сенов», хотя они могли бы пересекаться в произношении. В некоторых диалектах звук «е» после гласного подвергался йотации, и фамилия могла произноситься как «Сеёнов», что и сохранилось в письменном виде. Таким образом, Сеенов — это не столько редкий корень, сколько редкая запись обычного отчества, застывшая в своей диалектной форме.