Фамилия Сеёнова — женская форма от мужской фамилии Сеёнов, и её ключ к происхождению лежит в необычном сочетании корня и суффикса. Фамилия образована с помощью типичного русского патронимического суффикса -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — Сеёнов, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Сеён. Сама основа «Сеён» — это нестандартная, скорее всего, диалектная или просторечная форма.

Наиболее вероятная версия связывает «Сеён» с крестильным именем Семён. В русских говорах, особенно в северных и сибирских регионах, имя Семён часто произносили как «Семён», «Семё» или даже «Сейон». Отсюда — один шаг до формы «Сеён». Подобные фонетические изменения (смягчение, выпадение звуков) были обычны в живой речи: имя превращалось в прозвище, которое затем закреплялось за потомками. В пользу этой версии говорит и то, что фамилии на -ов от имени Семён встречаются повсеместно, но именно вариант «Сеёнов» — редкий, сохранивший местное произношение.

Менее вероятно, но возможно, что в основе лежит не имя, а прозвище Сеён. В некоторых говорах «сей» означало «этот», «вот этот», и прозвище могло закрепиться за человеком, которого часто так называли в разговоре. Однако такая версия слабее: прозвища от указательных местоимений в русской ономастике почти не встречаются, а вот искажённые формы имён — сплошь и рядом.

Географически фамилия Сеёнов (и Сеёнова) тяготеет к центральным и северным областям России, где были распространены «окающие» и «екающие» говоры. Встречаются носители в Тверской, Ярославской и Вологодской областях, реже — в Сибири, куда переселенцы принесли свой говор. В документах XIX века фамилия почти не фиксируется, что говорит о её позднем закреплении и малочисленности рода.

Таким образом, предки современных Сеёновых — это, скорее всего, крестьяне или ремесленники из северорусских земель, носившие имя Семён в его местном, усечённом варианте. Фамилия — живое свидетельство того, как просторечное произношение, не попавшее в официальные списки, сохранилось в родовом прозвании.