Фамилия Селюнов — один из тех случаев, где исходное слово почти исчезло из живого языка, но оставило след в прозвищах. В основе лежит прилагательное «селюный» или существительное «селюн». В старых русских говорах, особенно на юге и юго-востоке, «селюн» — это сельский, деревенский житель, мужик, крестьянин. Слово образовано от «село» с помощью суффикса -ун, который придавал прозвищный оттенок (сравните: «говорун», «бегун», «крикун»). Соответственно, Селюн — прозвище человека, которого выделяли по связи с деревней: либо он сам был выходцем из села, либо отличался простым, «мужицким» нравом.

Фамилия образована по стандартной патронимической модели: к основе Селюн добавили русский суффикс принадлежности -ов. Получается «сын Селюна» или «из рода Селюна». Это типичная модель для фамилий-прозвищ, которые закрепились в XV–XVII веках. Интересно, что суффикс -ун в исходном слове встречается реже, чем более распространённые -як или -ак (сравните с фамилией Селяков). Поэтому Селюнов — более редкий вариант, чем, скажем, Селянин или Сельский.

Встречается фамилия преимущественно в центральной России и Поволжье, что подтверждается данными переписей XIX века. В некоторых регионах «селюнами» называли не просто крестьян, а пришлых, нездешних людей, которые оседали в селе. Возможна и вторая, менее вероятная версия: от имени Селюня как производной формы православного имени Селиван (Силуан). Но в русской ономастике именно прозвищный вариант считается основным: слишком явная смысловая связь с «селом» и слишком узнаваемый говорящий корень.

По сословной принадлежности предки Селюновых, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что тоже косвенно указывает на её «земледельческое» происхождение. Фамилия не получила широкого распространения в среде духовенства и купечества, оставшись маркером сельского, крестьянского мира.