Фамилия Селюнова — женская форма, а её мужской вариант Селюнов образован по самой ходовой модели русского именослова: с помощью суффикса -ов. Такая модель означает «чей?» — то есть «сын Селюна» или «из семьи Селюна». Основа здесь — прозвище или некалендарное имя Селюн. Вот с ним и главная загадка.

Самая вероятная версия связывает Селюна с диалектным словом «селюк» или «селяк» — житель села, деревенский человек. В говорах северных и центральных губерний «селюн» могло звучать как прозвище крестьянина, домоседа или, наоборот, неуклюжего, простоватого человека. Подобные прозвища от слова «село» давали охотно: отсюда же фамилии Селянин, Сельский, Селюгин. Фамилия Селюнова, таким образом, прямо указывает на сельское происхождение первого носителя.

Менее распространённая гипотеза выводит Селюна из имени Селен — краткой формы от крестильного имени Селиван (от латинского Silvanus — «лесной»). Однако звуковой переход «Селюн» из «Селен» возможен, но неочевиден и встречается редко. Прозвищная версия выглядит проще и надёжнее, тем более что фамилия Селюнов встречается в основном в регионах с устойчивым сельским укладом: в Вологодской, Кировской, Архангельской областях, а также в Поволжье.

Интересная деталь: в некоторых местных говорах слово «селюн» имело дополнительный оттенок — так называли человека, который плохо говорит, мямлит или шепелявит. Если это так, то прозвище могло относиться к речевой особенности, а не к месту жительства. Но эта версия менее документирована.

Фамилия не относится к числу аристократических: в дворянских родословных книгах Селюновы не значатся. Это, скорее всего, фамилия крестьянская или мещанская, возникшая не позднее XVII века, когда массово закреплялись прозвищные фамилии у простого населения. В переписях и ревизских сказках XIX века Селюновы встречаются среди государственных крестьян и бывших помещичьих — без резкого сословного перекоса.