Семага – это уменьшительная форма имени Симеон, которое в переводе с древнееврейского означает «услышанный Богом в молитве». Веселовского упоминается Семага Клим, холоп, 1596—1603 гг., Новгород. Скорее всего, основатель рода Семагиных был выходцем из рабочей или крестьянской среды. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Семага, со временем получил фамилию Семагина.