Фамилия Семагина — это женская форма фамилии Семагин, а та, в свою очередь, пошла от прозвища или уменьшительного имени Семага. В основе лежит народная форма канонического имени Симеон, которое с древнееврейского переводится как «услышанный Богом в молитве». То есть Семага — это, по сути, то же, что и Сёма, но с несколько иным, более старинным суффиксом.

Интересно, что в исследованиях Степана Веселовского, известного историка и ономаста, упоминается конкретный носитель этого имени: Семага Клим, холоп, зафиксированный в новгородских землях в 1596–1603 годах. Это раннее упоминание — ценная зацепка. Оно говорит о том, что имя бытовало в Новгородской округе на рубеже XVI–XVII веков, а значит, и фамилия Семагин могла зародиться именно там.

Сама словообразовательная модель проста: к основе Семаг- добавили типичный русский суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Первоначально фамилия отвечала на вопрос «чей?» — то есть «сын Семаги». Со временем это притяжательное прилагательное закрепилось как родовое имя. Модель с суффиксом -ин чаще встречается в северных и новгородских говорах, что косвенно подтверждает версию о географическом происхождении рода.

Поскольку Семага Клим был холопом, то есть человеком зависимым, можно предположить, что основатель рода Семагиных происходил из рабочей или крестьянской среды. Впрочем, холопство на Руси было неоднородным: среди холопов встречались и управляющие, и ремесленники, и дворовые слуги. Поэтому говорить о каком-то конкретном занятии предка сложно, но социальный низ — наиболее вероятная среда.

В написании фамилии часто делают ошибку, путая Семагин с Симягин или Семягин. Однако исходная форма именно Семага, с ударной второй «а», что отличает её от других производных от Симеона. Встречаются и родственные фамилии, образованные от тех же корней, но с другими суффиксами — например, Семагин или Семяхин, но Семагин остаётся самостоятельной ветвью.

Фамилия редкая, в общероссийских списках частотных она не значится. Это скорее локальное семейное имя, сохранившее память о конкретном человеке, которого в быту звали Семагой. Судя по всему, род не был многочисленным, но сумел пронести свою фамилию через столетия, не растворившись в массе более распространённых образований от Симеона.