Фамилия Семаго стоит особняком в русском ономастиконе — она не укладывается в привычную схему «основа + суффикс принадлежности». Её окончание -аго выдает в ней реликт древнерусской грамматики: это застывшая форма родительного падежа прилагательного мужского рода. В старом языке такие формы звучали естественно («у добраго человека»), а позже, когда литературная норма закрепила окончание -ого, некоторые фамилии на -аго сохранились как архаизм. Чаще всего они встречались в среде духовенства и дворянства — вспомнить хотя бы знаменитого историка Карамзина или писателя Живаго.

Основа Сем- восходит к каноническому имени Симеон (в бытовом варианте Семён). В русских говорах имя нередко сокращали до Сёма, а от этой формы и образовали притяжательное прилагательное: «чей?» — Семаго, то есть «Сёмин». Получается, что Семаго — буквально «Сёмин сын» или «человек из рода Семёна». В отличие от массовой фамилии Семёнов, которая образована стандартным суффиксом -ов, вариант Семаго сохранил старую падежную форму и встречается гораздо реже.

Встречается и другая версия: связь с прозвищем Семага, которое могло означать «семилапый» или «семипятый» — так в диалектах иногда называли человека с какой-то особенностью (например, с семью пальцами). Но это объяснение менее убедительно: во-первых, такие прозвища единичны, во-вторых, фамилия Семаго географически привязана к северным и центральным областям России, где форма на -аго как раз типична для фамилий из имени Семён.

По сословной принадлежности Семаго чаще всего встречалась у крестьян и мещан, но нередко и у священников — в духовной среде такие архаичные формы особенно любили. В XIX веке фамилия фиксируется в Новгородской, Вологодской и Костромской губерниях. Сегодня она остаётся редкой, но не исчезла — её носят потомки тех, кто в XVIII веке ещё говорил «у Семаго двора», не задумываясь, что это станет их родовым именем.