Фамилия Семечкин образована от прозвища или нецерковного имени Семечка. В русском языке суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Семечкин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Семечка. Основа здесь не от слова «семечко» в современном бытовом смысле (подсолнечное семя), а от уменьшительной формы имени Семён. Семён — русская форма библейского имени Симеон («услышанный Богом»). В народе это имя давало множество производных: Сема, Семка, и вот — Семечка. Так могли в быту называть ребёнка или взрослого низкого роста, худощавого или просто ласково.

Интересная деталь: фамилия Семечкин — редкий случай, когда суффикс -ин присоединён к форме на -ечк-. Такие модели встречаются нечасто, обычно от имён на -ка образуются фамилии на -кин (Сёмкин, Сенькин). Вариант Семечкин закрепился, скорее всего, в северных или центральных губерниях России, где цокающие говоры и аканье могли повлиять на произношение: «Семечка» звучало как «Семечкя», что и дало фамилию. Встречается она редко, по сравнению с массовыми Семёновыми или Семиными.

В сословном отношении носители фамилии могли быть и крестьянами, и мещанами. В XIX веке в переписных книгах Курской и Тамбовской губерний фиксировались крестьяне Семечкины. Прозвище Семечка не несло негативного оттенка — это обычное обиходное имя, как Петрушка или Ванечка. Позже, когда подсолнечные семечки стали народным лакомством, фамилия обросла бытовыми ассоциациями, но этимологически к ним не относится.

Однокоренные фамилии — Семёнов, Семин, Семушкин, Семечкин стоит отличать от Семечкиных, которые могли возникнуть от названия профессии (торговец семенами) — но для этого была бы форма Семечников. Таким образом, Семечкин — это «сын Семечки», и предок носителя, скорее всего, был просто Семёном, которого домашние звали ласково Семечкой.