Фамилия Семененко — это классическая патронимическая фамилия, то есть образованная от имени отца. В её основе лежит каноническое имя Семён, которое пришло на Русь из древнееврейского языка и означает «услышанный Богом в молитве». За этим именем стоит библейская история: праведный Симеон, которому по внушению Святого Духа было предсказано, что он не умрёт, пока не увидит Христа, встретил Богомладенца в Иерусалимском храме и взял его на руки. За это его и назвали Богоприимцем.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: суффикс -енко в украинской и южнорусской традиции указывал на родство, буквально означая «сын» или «потомок». Поэтому Семененко изначально понималось как «сын Семена». Такие фамилии массово закреплялись на землях современной Украины и в южных регионах России, где была распространена эта модель, в отличие от северных территорий с суффиксами -ов и -ин.

Говорить о точном времени возникновения фамилии сложно. Процесс формирования фамилий был растянутым и длительным, но большинство подобных патронимических образований начало закрепляться с XIV века. Именно тогда отчества, указывавшие на имя отца, стали постепенно переходить в разряд наследственных семейных прозваний. Однако окончательно утверждать, где именно и когда появился первый носитель фамилии Семененко, можно только после глубоких генеалогических изысканий, ведь фамилия могла возникнуть в разных местах независимо, у разных ветвей рода.

Существует и альтернативная, но менее правдоподобная версия, которая возводит фамилию к прозвищу Семеня. Его основой мог послужить глагол «семенить» — то есть «говорить сбивчиво, путаться», «стоять беспокойно, переступать с ноги на ногу» или «частить ногами, дробно и скоро шагать». В этом случае фамилия указывала бы не на имя предка, а на его манеру речи или особенность походки. Однако против этой версии говорит сама структура слова: суффикс -енко в подавляющем большинстве случаев крепился именно к личным именам, а не к прозвищам, образованным от глаголов. Поэтому версия о происхождении от имени Семён выглядит значительно убедительнее, а прозвищная гипотеза — скорее народная этимология, чем научно обоснованный факт.