Фамилия Семенюкенко — редкий случай, когда в одной основе соединились два суффикса, каждый из которых по отдельности образует самостоятельные фамилии. Чтобы понять её происхождение, стоит разобрать её по частям.

Основа — мужское имя Семён, древнееврейское по происхождению, означающее «услышанный Богом». От него образовано множество фамилий: Семёнов, Семеновский, Семененко, Семенюк. В нашем случае сначала появился суффикс -юк-, характерный для западнорусских и украинских земель (Семенюк — «маленький Семён» или «потомок Семёна»). Затем к этой основе добавили ещё один суффикс — -енко, который в украинской ономастике также обозначает родство, чаще всего сына или потомка.

Таким образом, Семенюкенко буквально означает «внук Семёна» или «сын Семенюка». Это двойное «фамильное наслоение» — явление нечастое, но встречающееся в тех регионах, где люди стремились подчеркнуть принадлежность к конкретной ветви рода. Носитель такой фамилии, скорее всего, происходил не просто из семьи Семёновых, а из семьи, где отца уже звали Семенюком, и это прозвище закрепилось за следующем поколением.

Географически фамилия тяготеет к западной Украине, особенно к Волыни и Подолью, где суффикс -юк особенно распространён, а двойные формы — редкая, но документированная особенность местной антропонимии. В XIX веке такие фамилии могли фиксироваться в метрических книгах как Семенюченко, но написание с -к- вместо -ч- — не ошибка, а вариант, отражающий местное произношение (так называемое «цоканье» или твёрдое произношение суффикса).

Среди известных носителей фамилии нет громких исторических фигур, что типично для фамилий, возникших в крестьянской или казачьей среде. Сама фамилия — живой пример того, как в одном слове уместилось два поколения предков: сначала дед Семён, потом его сын, ставший Семенюком, и уже внук, записанный как Семенюкенко.