Фамилия Семенюковы хранит память о личном имени, которое носил её основатель, и почти наверняка ведёт род от человека по имени Семён. В основе лежит народная форма канонического церковного имени Симеон, которое пришло на Русь вместе с христианством и в переводе с древнееврейского означает «услышанный Богом в молитве». Это имя было одним из самых любимых в крестьянской и посадской среде, поэтому и фамилий, образованных от него, на Руси великое множество: Семёнов, Семин, Семагин, Семенюк и, наконец, Семенюков.

Словообразовательная модель здесь очень показательна. Сначала от имени Семён возникла уменьшительно-ласкательная форма Семенюк — так в быту могли звать сына, внука или просто молодого человека. А уже от этого «домашнего» имени образовали отчество-фамилию с типичным русским суффиксом -ов: Семенюков, то есть «сын Семенюка». Такая цепочка — от полного имени к уменьшительному и лишь затем к фамилии — характерна для восточнославянской ономастики, и в ней видна вся история семьи: имя отца становилось фамилией сына, а потом передавалось внукам.

Существует и вторая, менее убедительная версия, которую иногда приводят в популярных справочниках. Согласно ей, фамилия восходит не к имени, а к прозвищу Семенюк, связанному с глаголом «семенить», то есть ходить частыми мелкими шагами. Если верить этой гипотезе, прозвище могло указывать на подвижного, живого человека, который не любит размашистых и поспешных решений. Однако лингвистически такое объяснение выглядит натянутым: глагол «семенить» — поздний, а суффикс -юк в прозвищах встречается реже, чем в уменьшительных формах имён. Правдоподобнее всё же видеть в основе Семенюка именно имя, тем более что подобные формы от Семёна зафиксированы в украинской и южнорусской традиции, где суффикс -юк особенно распространён.

Сама фамилия Семенюков звучит по-южнорусски или по-украински: формы на -юк типичны для Подолья, Волыни и прилегающих районов, но с русским окончанием -ов она органично вписалась в общерусскую фамильную систему. Носители фамилии встречаются и в центральной России, и в Черноземье, и в Сибири, куда переселенцы увозили свои родовые прозвания. Точное место и время возникновения фамилии установить сложно — процесс формирования фамилий у крестьян растянулся на несколько столетий и завершился лишь в XIX веке, когда закрепление наследственных прозваний стало повсеместным.

В целом Семенюковы — это типичная «патронимическая» фамилия, которая не указывает ни на род занятий, ни на место жительства, а лишь называет предка по имени. Это делает её частью огромного пласта русской культуры, где личное имя, пройдя через уменьшительную форму, становилось знаком целого рода.