Фамилия Семененков — один из тех случаев, когда модель образования говорит о происхождении точнее, чем корень. Корень тут очевиден: крестильное имя Семён (древнееврейское Шимон — «услышанный Богом»). Но если бы фамилия была просто Семёнов, её носитель был бы прямым потомком человека по имени Семён. Суффикс -енк- меняет картину: в русской ономастике такие фамилии строятся не от самого имени, а от его уменьшительной или уничижительной формы.

Семененков — это «внук Семененка». Форма Семененко (с ударением на последний слог) на юге России и в Украине была типичным прозвищем для сына Семёна, что-то вроде «Семёныч». Когда такие «Семененки» переселялись в великорусские губернии, их фамилию русифицировали по модели отчества: к основе на -енко добавляли русский суффикс -ов. Получалось Семененков — буквально «чей? — Семененков», то есть из рода того самого Семененка.

География фамилии это подтверждает. По данным переписей XIX–XX веков, Семененковы концентрировались не в центральной России, а в областях, граничащих с Украиной: Курской, Воронежской, Белгородской, а также на Дону. Это следы миграции малороссийских крестьян и казаков на север. В отличие от столичных Семёновых, Семененковы почти всегда были государственными или помещичьими крестьянами — ни одного дворянского рода с такой фамилией в «Бархатной книге» или «Общем гербовнике» нет.

Есть и более редкая версия, которую выдвигал диалектолог А. И. Ященко: в некоторых говорах «семененком» могли называть не сына, а самого мелкого, «семечкового» хозяина — крестьянина, владеющего клочком земли «с семечко». Однако эта гипотеза не получила широкой поддержки: слишком много фамилий на -енков образовано именно от имён, а не от нарицательных слов.

Таким образом, Семененков — не столько фамилия, сколько маркер социальной и географической истории: внук украинского или южнорусского Семёнка, который в XVIII–XIX веках перебрался в чернозёмные губернии и получил «великорусское» окончание фамилии.