Фамилия Семеньшина — женская форма, а её исходный мужской вариант — Семеньшин. Это редкая модель, и в ней интересен не столько корень, сколько способ образования. Основа здесь — не имя Семён напрямую, а его просторечная или диалектная форма Семеньша. Такое имя могли дать в быту, особенно в южнорусских и украинских говорах, где было принято укорачивать полные имена с помощью суффикса -ша: Семён → Семеньша (как Миша от Михаил, Паша от Павел). Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Семеньшин, то есть сын или потомок Семеньши.

Второй, менее вероятный вариант: основа могла произойти от прозвища Семеньша, которое давали человеку невысокого роста или медлительному (от диалектного «семенить» — идти мелкими шагами). Однако такая версия менее убедительна, потому что прозвища на -ша чаще образовывались именно от имён, а не от глаголов.

Фамилия крайне редкая. По данным современных справочников, её носители встречаются в основном в центральных и южных областях России, особенно в Воронежской и Ростовской областях, что косвенно подтверждает южнорусское происхождение модели. В отличие от массовых фамилий вроде Семёнов или Семин, Семеньшина сохранила архаичную уменьшительную форму, которая вышла из употребления ещё в XIX веке. Поэтому её носители могут считать свою фамилию не просто вариантом, а живым свидетельством того, как в прошлом в деревне называли человека в обиходе, а не по официальному паспортному имени.