Фамилия Семенякина — женская форма, а её мужской вариант Семенякин. В основе фамилии лежит имя Семён, но не напрямую, а через уменьшительную или прозвищную форму Семеняка. Это характерный для восточнославянской ономастики суффикс -як-, который прикреплялся к имени и придавал оттенок «сын такого-то» или «человек, связанный с таким-то». В белорусских и украинских говорах -як особенно распространён: сравните с фамилиями Григоряк, Иванюк, Павлюк. Семеняка, таким образом, означало «маленький Семён» или «потомок Семёна».

Сам корень восходит к библейскому имени Симеон (в русской народной форме Семён), что значит «услышанный Богом». Имя было одним из самых частых на Руси, поэтому и производных фамилий от него десятки: Семёнов, Семин, Семенюк, Семечкин. Семенякин стоит в этом ряду особняком из-за редкого суффикса: -якин (с дополнительным -ин-) встречается реже, чем просто -як, и указывает на принадлежность: «чей? — Семенякин», то есть сын или человек из семьи Семеняки.

Географически фамилия привязана к юго-западным русским землям и востоку Украины. В переписях XIX века Семенякины чаще всего встречались в Курской, Воронежской губерниях и на Слобожанщине. Это зона, где смешивались великорусские и малороссийские говоры, что и отразилось в словообразовании: чисто великорусский вариант был бы Семёнов, а Семенякин — результат украинского или белорусского влияния на русскую фамильную модель.

Социальный статус первых носителей, скорее всего, крестьянский или казачий. Фамилии на -як в этой местности часто давали не помещики, а сами крестьяне по прозвищу, и закреплялись они в документах уже в XVIII–XIX веках. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это фамилия простого люда, что не делает её менее ценной для истории.

В написании возможна путаница с Семенякиным через «ё» (Семёнякин), но нормативная форма закрепилась через «е», поскольку в основе имя Семён, а не Сёмен. В современных базах данных фамилия редкая: по разным оценкам, в России её носят не более нескольких сотен человек, в основном в Черноземье и в диаспоре.