Фамилия Семенягин — довольно редкий случай, когда за основу взято не само крестильное имя, а его производная форма с дополнительным суффиксом. В основе лежит просторечный вариант имени Семён — Семеняга. Имя Семён — это русская форма древнееврейского Симеон, означающего «услышанный Богом». Но если фамилии Семёнов, Семин, Семенцов встречаются на каждом шагу, то Семенягин куда менее типичен.

Суффикс -яг(а) в русских именах и прозвищах (ср. Миляга, Костяга) придавал слову оттенок фамильярности или принадлежности к простонародной, неофициальной среде. В XV–XVII веках так могли назвать младшего сына, слугу или просто человека в обиходном кругу общения. Соответственно, Семеняга — это своего рода «Семён, свой в доску». Фамилия образовалась по притяжательному принципу: «чей сын?» — Семенягин, то есть сын Семеняги.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России, особенно к бывшим территориям Вологодской и Архангельской губерний, где были сильны традиции неофициальных форм имён. В Переписной книге Вологды XVII века встречаются крестьяне с прозвищем Семеняга, что подтверждает бытование этой формы в народной среде задолго до закрепления фамилии.

Одно из отличий этой фамилии от однокоренных — её морфологическая «непрозрачность» для современного уха. Если Семёнов сразу читается как «относящийся к Семёну», то Семенягин требует небольшого размышления: суффикс -ягин редко встречается в современных фамилиях. Это придаёт ей архаичный, почти былинный оттенок. Предок носителя такой фамилии был, скорее всего, не боярином и не купцом, а крестьянином или ремесленником, чьё имя в документах записали не по святцам, а по-домашнему.