Фамилия Семенютина — яркий пример «материнской» фамилии, образованной по русской модели на -ин. Вопреки распространённому мнению, что все фамилии на -ов/-ев происходят от отцов, а на -ин — от матерей, здесь как раз тот случай, когда форма на -ина указывает на принадлежность женщине. Основа фамилии — женское имя Семенюта, которое является уменьшительно-ласкательной формой от имени Семён (каноническая форма — Симеон). Суффикс -ют- в русских именах (как в Анютка, Митюта) придаёт оттенок нежности или, в некоторых говорах, просто разговорный вариант.

Таким образом, Семенютина буквально означает «жена или дочь Семенюты». В крестьянском быту такая модель часто закреплялась за женщиной, которая после замужества получала прозвище по имени мужа, а затем это прозвище становилось фамилией для её детей. В отличие от «отцовских» фамилий, где сын наследовал имя отца (Семёнов), здесь передавалась связь через мать — возможно, из-за того, что отец умер рано, был в отлучке, или женщина была вдовой и хозяйкой двора.

Географически фамилия Семенютина тяготеет к южнорусским и западнорусским говорам, а также к украинскому пограничью, где суффикс -ют- в именах встречается чаще, чем на севере. Встречается она и у старообрядцев, которые сохраняли архаичные формы имён. Интересно, что мужской вариант — Семенютин — встречается реже, чем женский, что может говорить о том, что в некоторых регионах фамилия закрепилась именно в форме женского рода как фамилия рода, а не отдельного человека.

С точки зрения словообразования, это редкий случай, когда фамилия не прошла стадию «патронима» (отчества), а сразу оформилась как «матроним» (по матери). В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) такие формы обычно относят к «полуотчествам», но с оговоркой, что в данном случае суффикс -ут-/-ют- указывает на конкретную женщину, а не на абстрактного предка. Если бы фамилия образовалась от прозвища Семенюта (например, так могли прозвать человека за сходство с известным Семёном), она бы скорее имела окончание -ов. Поэтому версия с именем жены или вдовы — самая правдоподобная.