Фамилия Семиген — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Если отбросить первое впечатление, что в ней слышится что-то про «семь гениев» или «семь генов», то придётся копать глубже: ни то, ни другое к русской ономастике отношения не имеет.

Скорее всего, перед нами пример фамилии, образованной от прозвища или мирского имени. Основа «Семи-» часто указывает на число «семь» в древнерусских именах (Семик, Семислав), но здесь она может быть и усечением от имени Семён. Вторая часть «-ген» — самый спорный элемент. В русских фамилиях суффикс -ен встречается редко, чаще в украинских или белорусских моделях (как в фамилиях типа Коваленко, где -ен- — часть патронимического суффикса). Однако «Семиген» может быть искажённой записью фамилии Семигин или Семегин, где корень восходит к прозвищу Семига — от диалектного «семига» (расторопный, бойкий человек) или от глагола «семить» (суетиться, мельтешить). В таком случае фамилия указывала на характер предка: непоседа, торопыга.

Ещё одна версия — связь с географическим названием. В польском языке есть слово «siemię» (семя), и фамилия Семиген могла возникнуть у переселенцев из западных регионов, где основой стало прозвище «Семига» — сеятель, земледелец. Но это предположение остаётся гипотезой: документальных подтверждений массового бытования фамилии в Польше нет.

По модели образования фамилия стоит особняком. В ней нет типичного русского суффикса -ов/-ев или -ин, что сразу выдаёт нерусское или позднее происхождение. Возможно, это искусственная фамилия, возникшая в среде духовенства при семинарском переосмыслении: от латинского «semen» (семя) или греческого «γένος» (род, происхождение). Тогда Семиген можно расшифровать как «семя рода» или «родоначальник» — такие книжные фамилии давали выпускникам духовных училищ в XIX веке.

Встречаемость фамилии крайне низкая. Основной ареал — центральные области России и, возможно, Западная Сибирь, куда переселенцы уходили в XVIII–XIX веках. Носителей мало, поэтому однозначно определить сословную принадлежность предков сложно: это могли быть и крестьяне, и мещане, и священники. Единственное, что можно сказать с уверенностью: фамилия не крестьянская в классическом смысле (без патронимического суффикса), а значит, её носители либо получили её позже остальных, либо происходили из среды, где фамилии давали по прозвищам, а не по отцу.