Фамилия Семиненкова — вариант женского рода от мужской фамилии Семиненков. Она образована по типичной восточнославянской модели: к основе, восходящей к имени или прозвищу, добавляется суффикс -енк(ов), который в белорусской, украинской и южнорусской традиции указывал на происхождение от отца или предка. Суффикс -енко (уменьшительный, «сын такого-то») со временем русифицировался, получив окончание -ов, что и дало форму Семиненков.

Основа фамилии — Семин. Это краткая форма от имени Семён (каноническое Симеон, от древнееврейского «услышанный Богом»). В русских говорах имена часто усекали: Семён превращался в Сема, родительный падеж — Семина («сын Семы»). Отсюда и пошло Семиненко — буквально «маленький Семин» или «внук Семы». То есть Семиненков — это уже тройная «матрешка»: сначала от Семёна образовали Сему, от Семы — Семина, а от Семина — Семиненко, которое потом обрусело до Семиненков.

Географически фамилия тяготеет к югу России и приграничным с Украиной областям — Курской, Белгородской, Воронежской. Встречается она реже, чем распространённые Семёнов или Семин, что говорит о её локальном характере: носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких соседних сел, где закрепилась именно эта ветвь рода.

Интересная деталь: в отличие от фамилий на -енко, которые часто оставались без изменений по полу (например, Семиненко — и для мужчины, и для женщины), форма Семиненкова однозначно указывает на женщину и замужнее положение (жена Семиненкова). В современных документах она может принадлежать как замужней, так и незамужней женщине — паспортная система закрепила её как фамилию, а не как отчество по мужу.