Фамилия Семаненков — один из тех случаев, когда внешне простой корень скрывает несколько путей происхождения. Если смотреть на суффикс, то перед нами типичная «-енков» модель, которая характерна для южнорусских и украинских территорий. В центральной России чаще встречается «-енков» как вариант «-онков» (от «-онок» — уменьшительный суффикс для детей или молодых животных), а на юге и востоке Украины — как прямой патроним от имени или прозвища на «-енко». То есть Семаненков — это русифицированная форма украинской фамилии Семаненко.

Основа «Семан» — это производная форма от крестильного имени Семён (Симеон). В народной речи имя Семён давало множество обиходных вариантов: Сёма, Семан, Семак, Семейка. «Семан» — именно такой разговорный, усечённый вариант, который в XVI–XVII веках мог быть как личным именем, так и прозвищем. В документах XVII века встречаются крестьяне и посадские люди с именем Семан (например, Семанко, Семанов — в переписных книгах). Таким образом, Семаненко — это буквально «сын Семана» или «маленький Семан».

Есть и вторая, менее очевидная версия. В некоторых говорах «семан» могло быть прозвищем, связанным с глаголом «семать» — болтать, пустословить, или с диалектным «сёмать» — шмыгать носом, но эта гипотеза слабее. Основная масса носителей фамилии Семаненков, судя по географии (Брянская, Курская, Белгородская области, а также восток Украины), имеет корни именно в крестьянской среде, где отчество от уменьшительного имени было самой естественной формой.

По сословной принадлежности Семаненковы — почти наверняка потомки однодворцев или государственных крестьян юга России. В отличие от дворянских фамилий на «-ский», эта фамилия не получила письменной фиксации в родословных книгах, а бытовала в устной традиции. Интересная деталь: в метрических книгах XIX века фамилию могли записывать по-разному — Семаненков, Семаненко, а иногда и Семяненков (под влиянием «семя»). Последний вариант — чисто графическая ошибка писаря, не имеющая отношения к растительности.