Фамилия Семынин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. В её основе лежит мирское имя или прозвище Семыня, а суффикс -ин указывает на принадлежность: Семынин означает «сын Семыни», «ребёнок Семыни». Такая модель типична для русских фамилий, возникших в северных и центральных регионах России.

Происхождение самого имени Семыня неоднозначно, и здесь есть несколько версий. Согласно первой, имя связано с числом семь. Вероятно, его получал седьмой ребёнок в семье. Но возможно, что связь с числом семь не прямая: в старину семь обозначало неопределённое множество, оптимальное число, удачу. Называя ребёнка Семыней, родители надеялись, что имя принесёт ему счастье и покровительство высших сил.

Вторая версия видит в Семыне просторечную уменьшительную форму древнееврейского имени Семен, которое в переводе на русский язык означает «услышанный Богом в молитве». Эта гипотеза правдоподобна: имя Семён было одним из самых распространённых на Руси, и от его разговорных форм (Сёма, Семыня) образовалось множество фамилий.

Наконец, нельзя исключать, что в основе фамилии лежит не личное имя, а прозвище Семыня, связанное с названием древнерусского города Семынь (или Семыч) или одноимённой реки. Город Семынь относился к числу самых первых русских городов: он упоминается в документах 1152 года. Возможно, он стоял на реке Семынь — левом притоке реки Поведь, протекающей на северо-западе европейской части России, в Тверской области. Название реки, вероятно, пришло из языка какого-либо северного народа, проживавшего на этой территории: в современном языке коми есть похожее слово «сöмын» — «только». Если эта версия верна, то прозвище Семыня мог получить человек, пришедший с берегов этой реки или из тех мест.

Какая из версий правдоподобнее? Имя Семён и его производные дали огромный пласт русских фамилий (Семёнов, Семин, Семыкин и другие), поэтому версия с уменьшительной формой выглядит наиболее естественной. Однако и «числовая» версия имеет право на существование: имена, данные по порядку рождения (Первуша, Шестак, Семыня), были широко распространены в допетровской Руси. Версия с городом Семынью — самая редкая, но и она не лишена оснований, особенно если учесть, что фамилия могла закрепиться в Тверской области.

О точном месте и времени возникновения фамилии Семынин говорить сложно: процесс формирования русских фамилий был длительным и завершился в основном к XVII–XVIII векам. Тем не менее, фамилия Семынин — замечательный памятник славянской письменности и культуры, сохранивший в себе память о древнем имени, а возможно, и о старинном городе.