Фамилия Серганин образована от имени Серганя, которое является народной формой крестильного мужского имени Сергей, что в переводе с латинского на русский язык означает «высокочтимый, высокий». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Серганя, со временем получил фамилию Серганин.