Фамилия Сейтуарова — женская форма, а мужская, Сейтуаров, встречается реже. Основа здесь тюркская, и ключ к разгадке лежит в первой части — «Сейт». Это искажённое или диалектное произношение имени Сейид (араб. «господин», «вождь»), которое у многих тюркских народов стало личным именем Сейт. Вторая часть, «уар», сложнее. Скорее всего, это формант, который мог возникнуть из тюркского слова «уар» (ударять, бить) или из арабского «вар» (наследник, потомок). В любом случае, перед нами составное имя или прозвище: Сейт-уар, то есть «Сейт-воин» или «потомок Сейта».

Модель образования типична для казахских, ногайских и каракалпакских фамилий, русифицированных суффиксом -ов/-ев. В исходной тюркской среде такие фамилии не существовали — их начали давать при советской паспортизации, часто по имени отца или деда. Поэтому Сейтуарова — это не древняя родовая фамилия, а запись, закреплённая в документах в первой половине XX века. Женская форма на -а появилась по русской грамматической норме.

Географически фамилия тяготеет к западному Казахстану, особенно к Атырауской и Мангистауской областям, а также к соседним регионам России — Астраханской области и Калмыкии. Носители фамилии, вероятно, происходят из среды казахов-адайцев или ногайцев, где имя Сейт было распространено. Встречается и вариант Сейтуар, без окончания, но он редок.

В словарях Б. Унбегауна и В. Никонова эта фамилия не фиксируется — она узколокальная, что указывает на её сравнительно недавнее оформление и ограниченный ареал. Если отбросить версию о «потомке Сейта», то в основе может лежать простонародное прозвище «Сейтуар» — так могли назвать человека, который в драке или на охоте действовал «уар» (резко, с силой), но это лишь предположение без твёрдых лингвистических подтверждений.