Фамилия Сейтуев — редкий случай в русском ономастиконе, где тюркское имя слилось с русским патронимическим суффиксом. Основа фамилии — мужское имя Сейту, которое восходит к арабскому «саид» (господин, предводитель) в тюркской огласовке. Вторая часть имени, «ту», может быть усечённой формой от «туган» (рождённый) или просто усилительным компонентом. Таким образом, Сейту — это примерно «рождённый господином» или «благородный отпрыск», что типично для имён-пожеланий у тюркских народов.

Суффикс -ев, а не -ов, указывает на мягкую или шипящую основу: Сейту > Сейтуев. Такая модель образования фамилий характерна для русских фамилий татарского, башкирского, ногайского происхождения, которые вошли в общерусский обиход в XVI–XIX веках. В отличие от фамилий на -ин, которые образуются от основ на -а/-я, здесь работает стандартная патронимическая схема: «чей?» — Сейтуев, то есть сын Сейту.

Географически фамилия тяготеет к Северному Кавказу и Нижнему Поволжью, особенно к Карачаево-Черкесии и Ставрополью. Встречается у ногайцев, кумыков и карачаевцев, но носители могли попасть в реестр русских фамилий через казачьи списки или при крещении, когда к тюркскому имени добавляли русское окончание. Примечательно, что в дореволюционных документах фамилию могли записывать двояко: Сейтуев и Сейтюев — из-за неустойчивой передачи мягкого «т» на стыке языков.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Сейтов, Сейтумеров, Сейтхалилов — подтверждает, что корень Сейт- (от «саид») в них общий, а различие в суффиксах и вторых компонентах указывает на разные ветви одного родового древа. Если Сейтов — прямая патронимическая форма, то Сейтуев с уточняющим «ту» — более конкретное прозвище, возможно, данное первому носителю, чтобы отличить его от тёзок.