Фамилия Шабатуров — редкий случай, когда географический ключ к разгадке лежит почти на поверхности. Её основа напрямую связана с этнонимом «шабатур» — так в некоторых русских говорах, особенно на юге и юго-востоке (в Рязанской, Тамбовской, Воронежской областях), называли цыган. Слово имело оттенок пренебрежительности, но в основе прозвища могла лежать не столько национальность, сколько внешность или образ жизни: смуглый, черноволосый, кочевой, либо просто человек, который «цыганит» — торгуется, хитрит, бродяжничает.

Суффикс -ов указывает на стандартную русскую патронимическую модель: «чей?» — Шабатуров, то есть сын или потомок Шабатура. Формально фамилия образована от прозвища Шабатур, а не от имени. В ономастическом словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные примеры разбираются в разделе прозвищ, образованных от этнических названий, — и Шабатуров стоит в одном ряду с Цыгановым, Татариновым, Немцовым.

Есть и вторая, менее вероятная версия, которую иногда выдвигают из-за созвучия с тюркскими языками. В казахском и татарском есть слово «шабатур» — «быстрый, резвый» (от глагола «шабу» — бежать, скакать). Однако эта гипотеза слабая: в тюркских фамилиях гораздо чаще встречается суффикс -ов, но основа «шабатур» в тюркском антропонимиконе не зафиксирована как распространённое имя или прозвище. Гораздо правдоподобнее, что фамилия возникла именно в русско-цыганской среде или в тех регионах, где цыганское население было заметным.

Интересная деталь: написание фамилии устойчиво, без вариантов вроде Шабатуров/Шебатуров, что говорит о её относительно позднем оформлении и фиксации в документах. Сословно Шабатуровы в основном были крестьянами или мещанами, но отдельные ветви могли принадлежать к однодворцам — категории, занимавшей промежуточное положение между крестьянством и дворянством на южных окраинах России. Точных данных о дворянстве этой фамилии нет, и искать её носителей среди знати не стоит.