Фамилия Шафийев — один из ярких примеров того, как арабское по происхождению имя прижилось на тюркской почве и обросло фамильным суффиксом. В основе лежит мужское имя Шафий (Шафи), которое восходит к арабскому «шафи» — «исцеляющий», «целитель». В исламской традиции это одно из имён, связанных с божественными атрибутами, а также эпитет пророка Мухаммада как «исцеляющего души».

Суффикс -ев указывает на то, что фамилия формировалась по русской модели патронимического образования (чей сын? — Шафиев). В тюркских языках, особенно в азербайджанском и дагестанских, окончание -ев (а не -ов) типично для фамилий, образованных от основ, оканчивающихся на мягкий согласный или «й». Поэтому географически фамилия Шафийев чаще всего встречается среди народов Кавказа и Закавказья — у азербайджанцев, лезгин, табасаранцев, а также у татар и башкир.

Интересно, что в дореволюционной записи фамилия могла выглядеть как Шафиев, Шафиевъ или даже Шафи-оглы (с тюркским «оглы» — сын). Двойное «ий» в современном варианте Шафийев — это, скорее всего, результат адаптации к русской орфографии, где йот между гласными стараются сохранить, чтобы избежать слияния «и» и «е» в одну фонему. В разговорной речи нередко встречается упрощённый вариант Шафиев.

Сословного барьера у этой фамилии не было: её носителями могли быть и сельские муллы, и торговцы, и крестьяне. Поскольку имя Шафий было распространено в среде мусульманского духовенства, часть предков могла быть связана с религиозным образованием или врачеванием, но это лишь вероятная версия, а не прямое указание на род занятий. В советское время фамилия окончательно закрепилась в паспортной системе именно в форме Шафийев, особенно в Дагестане и Азербайджане.