Фамилия Шафина — женская форма, а её мужской вариант — Шафин. В русской традиции такие фамилии на -ин обычно образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я. Но в данном случае корень, скорее всего, не славянский, а тюркский или арабский.

Самая вероятная основа — арабское имя Шафи (شفيع), которое означает «заступник», «ходатай», «целитель». В исламской культуре это один из эпитетов пророка Мухаммеда. В тюркских языках, особенно у татар и башкир, имя Шафи или Шафигулла (заступник Аллаха) было распространено. От него и пошла фамилия: Шафин — «сын Шафи», «потомок Шафи». Суффикс -ин здесь работает как русский патронимический, приращённый к тюркскому имени.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с арабским словом «шафа» (شفاء) — «исцеление». В этом случае фамилия могла указывать на род занятий предка: знахаря, лекаря, человека, связанного с врачеванием. Однако такая трактовка встречается реже, потому что прямое прозвище «Шафа» в значении «лекарь» не так устойчиво в ономастике, как личное имя.

Географически фамилия Шафина наиболее характерна для Поволжья и Приуралья — регионов с компактным проживанием татар и башкир. Встречается она и у русских, но, как правило, в тех же местах, что указывает на смешанное происхождение или давние межэтнические контакты. Встречается и среди кавказских народов, но там чаще встречается форма Шафиев (с суффиксом -ев).

Таким образом, носитель фамилии Шафина почти наверняка имеет предка, которого звали Шафи. Был ли он заступником по имени или лекарем по ремеслу — сказать точно нельзя, но корень у фамилии ясный: восточный, с глубоким смыслом, связанным с помощью и защитой.