Фамилия Шафра — редкий случай в русском ономастиконе. Она не вписывается в типичную модель образования через суффикс принадлежности (-ов, -ин, -ский). Перед нами, скорее всего, не русифицированная, а застывшая форма исходного прозвища или имени. В славянской среде фамилии с таким окончанием встречаются у поляков, белорусов и украинцев, где они могли передаваться без изменений.

Самая прямая версия связывает основу с польским или украинским словом «шафра» — шафран. Пряность была дорогой и ценилась на вес золота. Прозвище Шафра мог получить либо торговец этой специей, либо человек, который любил добавлять её в еду, либо, в переносном смысле, кто-то с рыжеватым оттенком волос или бороды (по цвету шафрана). В польской ономастике фамилия Szafra (Шафра) действительно фиксируется, и её связь с названием пряности считается основной.

Менее вероятна, но возможна связь с еврейским именем Шафра (женский вариант от Шафран). В этом случае фамилия могла быть матронимом, то есть образованной от имени матери. Однако для восточноевропейских евреев типичнее были фамилии на -ович или -ман, а краткая форма Шафра встречается реже и чаще как вариант польского написания.

Географически фамилия тяготеет к западным регионам бывшей Речи Посполитой — современным Польше, Беларуси и Западной Украине. В России она редка и, скорее всего, принесена миграциями конца XIX — начала XX века. Суффикса в привычном русском понимании у фамилии нет: окончание -а — это грамматический показатель женского рода в польском или украинском языке, который в русском контексте воспринимается как неизменяемая основа.

Таким образом, предок носителя фамилии Шафра — человек, которого в польскоязычной или украинской среде прозвали за связь с шафраном: либо ремеслом, либо внешностью. Фамилия сохранила исходное звучание без адаптации, что делает её своеобразным лингвистическим документом своего времени.