Фамилия Шафраев — один из тех случаев, когда корень указывает на профессию или прозвище, а суффикс — на типично русскую модель образования. Основа «шафрай» восходит к названию пряности — шафрану, но не напрямую, а через украинское или южнорусское диалектное слово «шафрай» (шафран). В старину шафран ценился на вес золота: его использовали как приправу, краситель и лекарство. Человек, торговавший этой пряностью или занимавшийся её разведением, мог получить прозвище Шафрай. От него с помощью патронимического суффикса -ев (вариант -ов после мягкого согласного) и образовалась фамилия Шафраев — буквально «сын Шафрая».

Модель образования проста и прозрачна: прозвище на -ай (сравните: Гуляй, Бодай, Шафрай) плюс притяжательный суффикс. Такая схема характерна для русских фамилий, возникших в среде крестьян и посадских людей в XVI–XVII веках. В отличие от фамилий на -ский (дворянских) или на -ич (княжеских), Шафраев — фамилия «низовая», демократичная. Она не указывает на географию, а говорит о занятии предка.

Спорных версий здесь практически нет. Иногда пытаются связать фамилию с тюркским корнем (например, с арабским «шариф» — благородный), но это натяжка: фонетически «шафрай» и «шариф» далеки, а русские фамилии от тюркских прозвищ обычно оканчиваются на -ов (Баранов, Акчурин), но не на -аев. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные случаи (от названий растений и пряностей) описаны как профессиональные прозвища. Шафраев стоит в одном ряду с Перечневым, Гвоздевым, Имбирёвым — все они указывают на торговлю или выращивание специй.

Интересная деталь: написание фамилии может варьироваться. В старых документах встречается вариант Шафраев (через «е» в суффиксе) и реже Шафрайев (с сохранением йота). Первый вариант закрепился как нормативный, но оба указывают на одну и ту же основу. Фамилия редкая, не массовая — её носители, скорее всего, потомки одного или нескольких родов из южных губерний России или Украины, где шафран выращивали или через которые везли из Турции и Персии.

Если коротко: Шафраев — русская фамилия, образованная от прозвища Шафрай, которое дали человеку, связанному с шафраном. Вероятнее всего, торговцу пряностями.