Фамилия Шафраник — редкий случай, когда прозвище дали не по внешности или характеру, а по пряности. В основе лежит слово «шафран» — дорогая восточная специя, которую на Руси ценили за цвет и вкус. Чаще всего Шафраником называли не того, кто торговал шафраном, а человека, который его подделывал или разбавлял. В средневековой торговле шафран стоил огромных денег, и замена его на более дешёвые цветы (сафлор, куркуму) была распространённым мошенничеством. Прозвище «Шафраник» могло означать «обманщик», «фальсификатор», причём не обязательно злостный — скорее хитрый и изворотливый торговец.

Вторая версия, менее вероятная, — что прозвище дали за рыжий цвет волос или веснушки, напоминающие шафрановый оттенок. Но для русоволосого населения такая метафора была бы натянутой: шафран даёт жёлто-оранжевый, а не рыжий цвет, и в русских говорах для рыжих существовали свои прозвища (Рыжов, Рыжик). Поэтому версия с торговой хитростью выглядит убедительнее.

Суффикс -ик в фамилии Шафраник — уменьшительно-оценочный, характерный для прозвищ, которые закрепились в качестве фамилий без дополнительного оформления. То есть фамилия не прошла через стандартную модель на -ов/-ев или -ин, а осталась в форме прямого прозвища. Такие фамилии (с суффиксом -ик) чаще встречаются на западе России, в Беларуси и на Украине, где оканчивались на -ик, -ук, -юк. Географически Шафраник — типичная фамилия для западнорусских и белорусских земель, где прозвища такого типа не переделывали на «Шафраников», а оставляли как есть.

Родственные фамилии — Шафранов, Шафранский, Шафранюк — все образованы от того же корня, но с разными суффиксами. Шафраник стоит особняком именно благодаря прозвищному происхождению: он не про «сына шафранника», а про самого человека, которого так окрестили за склонность к мелкому плутовству или за ремесло подмешивания дешёвых трав в дорогой товар.