Фамилия Шафранникова — женская форма от Шафранников, и её разумнее рассматривать в мужском варианте, так как именно он хранит ключ к происхождению. Основа здесь прозрачна: «шафран». Но за этой пряностью скрывается не одна, а две возможные истории предков, и обе имеют под собой реальную почву.

Первая и самая прямая версия — профессиональное прозвище Шафранник. Так могли назвать человека, который торговал шафраном или выращивал его. Шафран в допетровской и императорской России был дорогой привозной специей, ценившейся на вес золота. Торговец шафраном — фигура заметная, не рядовая, поэтому прозвище легко прилипало и переходило в фамилию. Суффикс -ник в основе Шафранник указывает именно на лицо по роду занятий: ср. сапожник, мясник, гречишник. Модель образования фамилии на -ов отсюда: «чей?» — Шафранников, то есть сын Шафранника.

Вторая версия, менее очевидная, но тоже состоятельная — прозвище по внешности или характеру. В народе шафраном нередко называли желтоватый, бледный цвет лица, а также рыжеватый оттенок волос или бороды. Шафранником могли прозвать блондина с желтизной или просто человека с нездоровым, землистым цветом кожи. В этом случае фамилия оказывается в одном ряду с Беляевым, Рыжовым, Чернышёвым — по физическому признаку.

Словообразовательная конструкция проста: корень шафран- плюс суффикс -ник (указывает на деятеля или носителя признака), затем патронимический суффикс -ов. Фамилия типична для центральной России и Поволжья, где особенно любили прозвища по занятиям. Встречается она нечасто, но стабильно — в основном в южных и центральных областях, где проходили торговые пути пряностей.

Спор между версиями решается в пользу профессиональной: фамилии на -ников от названий ремёсел — один из самых продуктивных пластов русской ономастики. Версия с цветом волос возможна, но менее вероятна, так как для рыжих существовали более ходовые прозвища (Рыжий, Рыжов), а шафранный оттенок — частный случай. В любом случае, предок носителя фамилии был человеком заметным: либо торговал дорогим товаром, либо выделялся внешностью.