Фамилия Шалтынов — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти полностью вытеснило исходное значение. Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: «чей?» — «сын Шалтына». Вся сложность в корне «шалт-», который в русском языке не встречается в виде самостоятельного слова. Это либо искажённое заимствование, либо след диалектного произношения.

Самая вероятная версия связывает фамилию с тюркским словом «шалт» или «шалды» — «быстро», «резко», «внезапно». В татарском и башкирском языках есть глагол «шалтырау» — «звенеть», «греметь», «стучать». Отсюда прозвище Шалтын могли дать человеку шумному, порывистому, с резкими движениями или громким голосом. В южнорусских говорах, где тюркские заимствования особенно часты, такое прозвище было бы понятно без перевода.

Менее убедительна гипотеза о связи с диалектным «шалтый» — «кривой», «косой» (сравните с «шалый» — бешеный, сумасбродный). Но здесь мешает фонетика: переход «шалт-» из «шалт-» маловероятен, а суффикс -ын в прозвище указывает скорее на тюркское происхождение основы. В словаре Веселовского «Ономастикон» есть фамилия Шалтыков, образованная по той же модели, что подтверждает активность этого корня в XVI–XVII веках.

Географически фамилия Шалтынов тяготеет к Поволжью и Южному Уралу — регионам, где веками жили рядом русские и тюркские народы. Встречается она нечасто: по данным современных телефонных справочников, основные кланы сосредоточены в Татарстане, Башкортостане и Оренбургской области. Предки носителей фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, получившими прозвище за характер или манеру поведения.