Фамилия Шалтышов — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В ней нет очевидного корня от крестильного имени или распространённого ремесла, поэтому разбирать её стоит с самого необычного элемента — суффикса и возможной тюркской основы.

По модели образования фамилия относится к типичным русским фамилиям на -ов, которые указывают на принадлежность: «чей?» — Шалтышов, то есть сын или потомок Шалтыша. Но сложность в основе — Шалтыш. Скорее всего, это прозвище, а не имя. В русских говорах, особенно в южнорусских и поволжских областях, слово «шалтыш» могло означать нечто вроде «шалопай», «вертопрах» или «непоседа». Сравните с диалектным глаголом «шалтыхаться» — болтаться без дела, шататься. Если так, то прозвище дали человеку беспокойному, суетливому или несерьёзному.

Однако есть и другая, более глубокая версия. Фамилия могла возникнуть на стыке русской и тюркской культур, что характерно для территорий бывшего Казанского ханства, Приуралья или Астраханского края. В татарском и башкирском языках есть основа «шалты» (шалтырау) — звукоподражание звону, бряцанию, а также слово «шалтыш» (шалтышлы) — «звенящий», «брякающий». Прозвище Шалтыш могли дать человеку, который носил много металлических украшений, работал с металлом (кузнец, жестянщик) или просто обладал звонким голосом. В этом случае фамилия Шалтышов — не чисто русская, а результат русификации тюркского прозвища с помощью стандартного суффикса.

Первая версия (от русского диалектного слова) кажется более вероятной для центральных областей России, вторая (тюркская) — для регионов межэтнического контакта. Поскольку фамилия нечастотная, можно предположить, что её носители сконцентрированы в локальной зоне — например, в Чувашии, Татарстане или в Ульяновской области, где смешение языков было обычным делом. Сословно, скорее всего, это крестьянская или мещанская фамилия: прозвища давали простым людям, а не дворянам.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) Шалтышов не упоминается как отдельная статья — это говорит о её редкости. Зато есть однокоренные: Шалтыков, Шалтырев, Шалтырбаев. Все они указывают на один и тот же корень «шалт-», но с разными суффиксами. Для обладателя фамилии Шалтышов это означает, что его предок был либо заметным непоседой, либо человеком, чья профессия или внешность ассоциировалась со звоном — и это не менее ценно, чем происхождение от знатного рода.