Фамилия Шалягин образована от прозвища Шаляга. Основа здесь — диалектное слово «шаляга», которое в северных и сибирских говорах означало «шалун», «проказник», «озорник». В отличие от литературного «шалун», слово «шаляга» звучало грубее и конкретнее: так могли назвать не просто ребенка-баловника, а взрослого, склонного к хулиганству или несерьезному поведению.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Шалягин буквально означает «сын Шаляги» или «человек из рода Шаляги». Это типичная модель русских фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я. В отличие от фамилий на -ов, которые чаще давались по имени отца, прозвищные фамилии на -ин нередко закреплялись за целым родом, даже если само прозвище носитель уже не оправдывал.

Есть и вторая, менее очевидная версия: в некоторых говорах «шалягой» называли старую, изношенную обувь или лохмотья. В этом случае прозвище давалось по внешнему виду — неопрятному или бедно одетому человеку. Эта гипотеза слабее: прозвища по поведению встречаются в русской ономастике чаще, чем прозвища по старой обуви, к тому же «шаляга» в значении «обувь» — редкое и локальное слово.

Географически фамилия Шалягин тяготеет к северо-востоку России: она встречается в Вологодской, Кировской, Архангельской областях, а также в Сибири, куда переселенцы принесли говор с этим словом. В центральных и южных регионах России фамилия редка, что подтверждает её диалектное происхождение.

Однокоренные фамилии — Шаляев, Шаляпин. Последняя, вопреки расхожему мнению, не связана с «шалягой»: она восходит к тюркскому имени Шаляп (искажённое «шаляф» — «щедрый»). Шалягин же остаётся в кругу чисто русских, прозвищных фамилий, где характер или поведение предка закрепились в родовом имени.