Фамилия Шалягина восходит к прозвищу Шаляга. Вероятно, подобное прозвище было связано с употреблявшимся в ряде говоров словом «шалыга» - «округлая верхушка чего-либо, плешь, темя». Следовательно, прозвище Шаляга мог получить человек с большой головой или проплешиной. Во владимирской области шалыгой называли посох с загнутым концом, а в костромских и вятских говорах – плеть, кнут, погонялку, использовавшуюся при езде. Поэтому и попа часто шуточно прозывали Шылыгой или Шалягой, намекая на то, что будто бы на исповеди он исправлял мирян шалыгою, плеткою. Можно предположить, что прозвище Шаляга, легшее в основу фамилии, принадлежало не самому представителю духовного сословия, а одному из его отпрысков. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шаляга, со временем получил фамилию Шалягина.