Фамилия Шлягина — женская форма фамилии Шлягин, и её стоит разбирать через мужской вариант, потому что именно он несёт основную смысловую нагрузку. В центре внимания здесь суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — «Шлягин», то есть сын или потомок человека по прозвищу Шляга. Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин особенно распространены.

Основа «шляг» неоднозначна, и тут есть две версии, одна из которых заметно убедительнее. Первая, самая прямая: прозвище Шляга могли дать человеку, связанному с изготовлением или ношением шляг. В старину «шляга» — это не головной убор, как можно подумать, а широкий плащ, накидка, иногда брезентовый или суконный. Такое прозвище легко мог получить портной, торговец одеждой или просто тот, кто постоянно ходил в характерном плаще. Вторая версия, более спорная, связывает «шлягу» с диалектным глаголом «шляться» — то есть бродяжничать. Тогда Шляга — прозвище гуляки или бездельника, но эта гипотеза слабее: модель прозвищ от глаголов обычно даёт другие суффиксы (например, Шляпкин от «шляпать»), а «шляга» как существительное устойчивее.

В ономастических словарях фамилия Шлягин встречается редко, но её однокоренные «родственники» — Шляпников, Шляпкин — хорошо известны. Унбегаун в «Русских фамилиях» упоминает группу «шляпных» фамилий, но Шлягин стоит особняком из-за редкой основы. Географически фамилия чаще фиксируется в Поволжье и на севере европейской части России, где слово «шляга» в значении «плащ» бытовало в говорах до XIX века.

Если отбросить маловероятную версию с «шляться», то предок носительницы фамилии Шлягина был, скорее всего, ремесленником или торговцем, имевшим дело с верхней одеждой. Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская, что подтверждается отсутствием в списках столбового дворянства.