Фамилия Шандогилова — редкая и нестандартная по своей словообразовательной модели. В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ев, которые образуются от имени или прозвища отца, здесь мы видим суффикс -ил-, характерный для русских прозвищных основ. Основа «Шандог-» с таким суффиксом превращается в «Шандогил» — это могло быть прозвище, а сама фамилия Шандогилов (женская форма Шандогилова) означает «принадлежащий Шандогилу».

Корень «шанд-» явно иноязычный. Самое вероятное объяснение — тюркское происхождение. В тюркских языках основа «шан» (сан, шан) означает «слава», «почет», «титул», а также может быть частью составных имен (например, Шанды, Шандыбай). Суффикс -ог- или -ок- в тюркских фамилиях и прозвищах часто указывает на принадлежность или происхождение («сын такого-то»). Таким образом, «Шандог» могло означать «сын славы» или «потомок почетного человека», а «Шандогил» — уменьшительная или прозвищная форма от этого имени, распространенная у народов Поволжья и Урала (татары, башкиры, чуваши).

В русской среде фамилия Шандогилова закрепилась, скорее всего, через крещеных татар или представителей других тюркских народов, перешедших в православие. Подобные фамилии с корнем «шанд-» встречаются в Оренбургской, Самарской и Челябинской областях — регионах активного смешения русского и тюркского населения. Альтернативная, но менее правдоподобная версия связывает фамилию с диалектным русским словом «шандал» (подсвечник), но суффикс -огил- для русского прозвища нехарактерен, а сама фамилия тогда звучала бы как Шандалов или Шандальников.

Женская форма Шандогилова — это не вариант фамилии, а ее грамматическое образование: в русской традиции жена или дочь Шандогилова получает окончание -а. Фамилия не склоняется по падежам в мужском роде? Нет, склоняется: у Шандогилова, к Шандогилову. В женском роде — у Шандогиловой, к Шандогиловой. Встречается фамилия крайне редко, в основном в единичных записях по Уралу и Западной Сибири, что подтверждает ее локальный характер и недавнее (по историческим меркам) закрепление в документах.