Фамилия Шаненко — характерный пример украинской фамилии, образованной с помощью суффикса -енко. В украинской ономастике этот суффикс — один из самых распространённых, он указывает на происхождение по отцу: буквально «сын такого-то» или «маленький, молодой». Модель с -енко активно формировалась на Левобережной Украине, особенно в Полтавской, Черниговской и Харьковской губерниях, где такие фамилии к XVII–XVIII векам стали массовыми.

Основа фамилии — Шаня. Это может быть краткая форма от крестильного имени, но какая именно — вопрос открытый. Чаще всего в основе таких антропонимов лежит имя Александр (разговорные варианты Шура, Шаня) или Арсений (Арсен, Шаня). В украинской традиции усечение имени до первого слога или до его переделанного звучания — обычное дело, поэтому Шаня могло быть домашним прозвищем человека, которого в церкви записали Александром или Арсением.

Есть и другая, менее очевидная версия: связь с диалектным словом «шань» или «шаний». В некоторых говорах так называли почётного, уважаемого человека (от «шана» — честь, уважение). Тогда Шаненко — это не «сын Шани», а «сын уважаемого человека». Версия правдоподобная, но менее вероятная: прозвища от абстрактных качеств в основе фамилий встречаются реже, чем от имён.

Фамилия Шаненко не относится к дворянским или старшинским — это фамилия казацкого или крестьянского сословия. Её носители в XIX веке чаще всего были записаны как государственные крестьяне или казаки в южных губерниях Российской империи. В списках реестрового казачества и исповедных ведомостях XVIII–XIX веков эта фамилия встречается, но не массово, что говорит о её локальном бытовании.

С точки зрения словообразования интересно, что суффикс -енко закрепился не за полной формой имени, а за его уменьшительным вариантом. Это типично для украинских фамилий, где отец часто именовался не полным именем, а домашним прозвищем. Шаненко буквально значит «маленький Шаня» или «потомок Шани». Фамилии на -енко с односложной основой встречаются реже, чем с двусложной, поэтому Шаненко стоит в ряду таких же компактных образований, как Дуденко, Зиненко или Лененко.