Фамилия Шаньшеров — редкий пример, когда географическая привязка оказывается едва ли не важнее этимологии. Скорее всего, перед нами не прозвище по занятию или внешности, а фамилия, возникшая от названия населённого пункта. В основе лежит топоним Шаньшер — такое название носит небольшая река в Пермском крае, приток Иньвы. В этом же регионе есть деревня Шаньшерова, что делает версию о «географическом» происхождении особенно убедительной.

Если принять эту версию, цепочка образования проста: Шаньшер — Шаньшеров, то есть «выходец с реки Шаньшер» или «житель деревни Шаньшерова». Суффикс -ов здесь типичен для русских фамилий, указывающих на принадлежность к местности. Само слово «Шаньшер», вероятно, имеет коми-пермяцкие корни, но точное значение восстановить сложно: в языках финно-угорской группы этого региона встречаются основы «шань» (красивый, хороший) и «шер» (середина, центр), однако это лишь предположение без строгого лингвистического подтверждения.

Менее вероятна, но возможна версия от прозвища. В русских диалектах слово «шаньга» означало ватрушку или лепёшку, а «шаньшер» могло быть искажённой формой от «шаньжник» — любитель шанёг. Но против этого говорит редкость формы: суффикс -ер в русских прозвищных фамилиях нетипичен, тогда как для топонимических названий он естественен. Кроме того, фамилия практически не встречается за пределами Пермского края и соседних территорий, что надёжно привязывает её к конкретному месту.

Сословная принадлежность носителей Шаньшеровых, скорее всего, была крестьянской или мещанской. Фамилия не относится к числу дворянских, и в документах XIX века её обладатели фигурируют как государственные крестьяне или жители уездных городов Прикамья. Никаких известных исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано — это типичная локальная фамилия, которая так и осталась в границах своего исходного региона.