Фамилия Шарафилов образована от личного имени Шараф, которое пришло в русский язык из арабского через тюркское посредничество. В арабском «шараф» означает «честь», «достоинство», «слава». Имя было популярно у народов, исповедующих ислам, особенно у татар и башкир, а затем перешло в фамилию по стандартной русской модели с суффиксом -ов. Таким образом, Шарафилов — это «сын Шарафа» или потомок человека по имени Шараф.

Модель образования здесь простая и прозрачная: к основе Шараф- добавляется суффикс -ил-, который в тюркских именах часто служит уменьшительно-ласкательным или просто словообразовательным элементом (сравните с именами Камиль, Наиль, Рашиль). Затем уже русское окончание -ов. То есть полная форма имени-основы — Шарафил, что значит «маленький Шараф» или «Шараф с оттенком ласковости». Такая двойная обработка (сначала тюркский суффикс, потом русский) — характерная черта фамилий, возникших в среде поволжских татар и башкир в XIX — начале XX века, когда происходила массовая русификация фамилий.

Географически фамилия Шарафилов наиболее распространена в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях. Встречается она и у русских, но почти всегда указывает на тюркские корни предков. В дореволюционных источниках фамилию могли записывать по-разному: Шарафилов, Шарафулов, Шарапов — из-за нестабильности огласовок в тюркских языках. Вариант Шарапов, кстати, образован от той же основы, но без суффикса -ил-, и встречается гораздо чаще.

Сословно носители фамилии Шарафилов относились в основном к крестьянам и мещанам, реже — к купечеству. В метрических книгах XIX века эта фамилия встречается среди государственных крестьян Казанской и Уфимской губерний. Никаких громких исторических личностей с такой фамилией в общеизвестных источниках не зафиксировано, что типично для фамилии, возникшей в народной среде и не связанной с дворянскими родами.