Фамилия Шарфутов — редкий случай, когда основа, скорее всего, не связана напрямую с русским языком, а указывает на тюркские или арабо-персидские корни. Если отбросить типичный русский патронимический суффикс -ов (означающий «сын» или «принадлежащий»), мы получаем корень «Шарфут». Самая правдоподобная версия возводит его к арабскому имени «Шарафутдин» (شرف الدين), что переводится как «благородство веры» или «честь религии». В тюркской среде, особенно у татар и башкир, это имя часто редуцировалось: отпадал конечный слог «-дин», и получались формы вроде Шарафут, Шараф, а на письме — Шарфут. Таким образом, Шарфутов — это «сын Шарфута», то есть потомок человека, носившего имя с религиозным, почётным значением.

Суффикс -ов однозначно указывает на то, что фамилия оформлялась уже в русской канцелярской традиции, скорее всего, после крещения или при переписи населения. Это типичная модель для фамилий тюркского происхождения в Поволжье и на Урале: исходное мусульманское имя русифицировали, добавив стандартное окончание. Географически фамилия Шарфутов встречается в основном среди татар и башкир (особенно в Башкортостане, Татарстане, Челябинской и Оренбургской областях), что подтверждает эту версию.

Менее вероятная, но допустимая версия связывает основу с диалектным тюркским словом «шарф» (шарф) или «шарфут» (возможно, искажённое «шарбат» — сироп, сладкий напиток), но это были бы прозвища, а не имена. Учитывая, что в основе лежит полноценное теофорное имя (содержащее компонент «дин» — вера), версия с Шарафутдином выглядит намного весомее и логичнее.

В дореволюционной России носители такой фамилии относились к сословию государственных или ясачных крестьян, реже — к купечеству или духовенству, поскольку имя Шарафутдин было распространено среди мулл и зажиточных горожан. Сейчас фамилия остаётся довольно редкой, но сохраняет прямую связь с именем, которое когда-то давали в честь религиозной добродетели.