Фамилия Шаргалин — одна из тех, где корень угадывается сразу, но точное значение ускользает. Основа «шаргал» звучит по-тюркски, и это главная зацепка. Скорее всего, в её основе лежит тюркское слово «шаргал» или близкое к нему, означающее «кривой», «косой», «искривлённый». В тюркских языках, например в казахском, «шарғал» — это нечто изогнутое или покосившееся. Прозвище Шаргал могли дать человеку с характерной осанкой, хромотой или даже с недобрым, «кривым» взглядом. В русском языке такие прозвища часто переходили в фамилии с добавлением суффикса принадлежности -ин, который указывает на потомка: «чей?» — Шаргалин, то есть «сын Шаргала».

Словообразовательная модель здесь простая и типичная для восточных окраин России. Суффикс -ин, а не -ов, часто встречается в фамилиях, образованных от прозвищ на согласный, и не несёт дополнительной социальной нагрузки. Географически фамилия Шаргалин тяготеет к регионам, где веками шло смешение русского и тюркского населения: Оренбуржье, Башкортостан, Татарстан, а также к казачьим областям Урала и Сибири. Это не случайно — в казачьей среде прозвища на тюркской основе были обычным делом.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: связь с монгольским или калмыцким словом «шарга» — «жёлтый», «светлый». В этом случае Шаргал могло быть прозвищем светловолосого или бледного человека. Но фонетика «шаргал» против «шарга» заставляет склоняться к первой версии: звук «л» на конце трудно объяснить, если не считать его частью корня.

В отличие от фамилий на -ский или -их, Шаргалин не указывает на конкретную местность или род занятий. Это чисто прозвищная фамилия, которая говорит о внешности или характере далёкого предка. В архивных записях она встречается редко, и известных носителей с громкой исторической биографией нет — это фамилия людей, живших на стыке культур, в среде, где прозвище могло закрепиться за целым родом.