Фамилия Шаргатов образована по самой распространённой в русском языке модели: от прозвища или имени, оканчивающегося на твёрдый согласный, с помощью суффикса -ов. В основе лежит слово «шаргат» или «шаргатый». Вопрос в том, что именно оно означало.

Самый прямой путь — диалектные говоры. В южнорусских и уральских говорах «шаргать» значит шаркать, тереть, ходить с шумом. «Шаргат» — человек, который шаркает ногами, или, в переносном смысле, неповоротливый, медлительный. Такое прозвище могли дать тому, кто ходил тяжело, волоча подошвы, или, наоборот, суетливому, «шаргающему» по двору. Фонетически фамилия вписывается в круг прозвищ, описывающих походку или манеру поведения.

Вторая версия связана с тюркскими языками, что для фамилий Поволжья и Приуралья — обычное дело. В татарском и башкирском «шаргат» (шәргәт) восходит к арабскому «шариат» — свод религиозных законов. Но прямое заимствование в качестве прозвища маловероятно: вряд ли человека называли «шариатом». Скорее, это могло быть искажённое татарское имя Шәрәфетдин (Шарафутдин) — в просторечии его могли усечь до «Шаргат», а затем русифицировать через -ов. Такая модель (тюркское имя + русский суффикс) дала тысячи фамилий: Шарафутдинов, Шарапов, Шаргатов.

Географически фамилия редкая, но встречается преимущественно в Оренбургской области, Башкортостане и Татарстане. Это указывает на её вероятное происхождение в зоне русско-тюркского пограничья, где крещёные татары или башкиры получали фамилии по отцу, а исходное имя со временем обрусевало.

Таким образом, наиболее правдоподобно, что Шаргатов — это русифицированная форма тюркского имени, либо же прозвище от диалектного глагола «шаргать». Первое подтверждается ареалом фамилии, второе — прозрачной семантикой. Сословно предки могли быть как государственными крестьянами, так и служилыми людьми из «инородцев», но точных данных об этом нет — фамилия не попала в дворянские родословные книги.