Фамилия Шаргинов — редкий пример, где на стыке тюркского корня и русского суффикса возникла неочевидная, но устойчивая форма. В отличие от типовых фамилий на -ов, которые образуются от полных форм крестильных имён (Иванов, Петров), Шаргинов указывает на прозвище или мирское имя, причём с ярким региональным оттенком.

Основа «Шаргин» восходит к тюркскому слову «шаркы» или «шаргын» — в диалектах казахского, башкирского и татарского языков это «восток» или «восточный». В русской среде, особенно в Поволжье и Приуралье, такое прозвище могли дать человеку, пришедшему с востока, либо выходцу из восточных земель. Суффикс -ин в данном случае не патронимический (как в фамилиях на -ин от матерей), а вторичный: он присоединился к уже готовой основе «Шаргин», которая сама по себе могла быть фамилией или отчеством у тюркских народов. В результате получилась гибридная модель: тюркский корень + русский фамильный суффикс -ов, что типично для поздней русификации нерусских фамилий (ср. Абдулов, Нагиев).

Версия, связывающая фамилию с русским диалектным глаголом «шаргать» (шаркать, тереть), маловероятна: для прозвища по действию скорее использовали бы форму Шарга или Шаргун, а не Шаргин. Географически фамилия встречается в основном в Оренбургской, Челябинской областях и Башкортостане — зонах активного тюрко-славянского контакта. Сословно предки Шаргиновых, скорее всего, были государственными крестьянами или казаками, воспринявшими тюркское прозвище в быту.

Примечательно, что ударение в фамилии плавающее: в разных ветвях рода произносят и Ша́ргинов, и Шарги́нов. Второй вариант ближе к тюркскому произношению основы, где ударение падает на второй слог.