Фамилия Шатоян — одна из тех, где исходное слово почти полностью скрыто за суффиксальной переработкой. Её основа — армянское мужское имя Шат, которое в древности было не просто именем, а прозвищем-характеристикой. В армянском языке «шат» означает «много» или «обильно», и имя давали, скорее всего, ребёнку, родившемуся в большой семье, или человеку, от которого ждали изобилия и удачи. Впрочем, есть и другая версия: «шат» могло быть сокращением от имени Шатур (армянская форма от Сатур), но она менее распространена.

Модель образования типична для армянских фамилий восточного (ашхарабарского) типа. Суффикс -ян (беспалатальный вариант -янц) указывает на принадлежность к роду: Шатоян буквально значит «из рода Шата» или «потомок Шата». В западном армянском диалекте тот же суффикс дал бы вариант Шатян или Шатьян, но форма Шатоян закрепилась в среде восточных армян, которые составляли большинство переселенцев в Российскую империю.

Географически фамилия тяготеет к исторической области Сюник (юг современной Армении) и к региону Арцах (Нагорный Карабах). Там имя Шат встречалось чаще, чем в других местах. В XIX веке носители фамилии были в основном крестьянами и ремесленниками, но сведений о каком-то одном сословии нет — фамилия не аристократическая и не княжеская, а массовая, «народная».

Интересная деталь: в русских документах XIX — начала XX века фамилию могли записывать и как Шатоянц, с сохранением старого суффикса принадлежности. Со временем конечное -ц отпало, и форма Шатоян стала стандартной. Если встретите вариант Шатоянц — это не ошибка, а архаичное написание, которое иногда сохраняют семьи, эмигрировавшие в западные страны.