Фамилия Щеголёнкова — женская форма мужской фамилии Щеголёнков, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Щеголёнок. Основа здесь — «щегол», название певчей птицы, но с уменьшительным суффиксом «-ёнок», который в русских говорах часто придавал слову оттенок молодости, принадлежности к чему-то малому. Щеголёнком могли прозвать невысокого, щуплого человека или того, кто, подобно щеглу, любил ярко, нарядно одеваться, «щеголять». В народе птица щегол ассоциировалась с пестротой и заметностью, поэтому прозвище могло относиться и к говорливому, бойкому человеку.

Модель образования фамилии на «-ёнков» встречается реже, чем стандартная на «-ов» или «-ев», и характерна в основном для северных и центральных регионов России, особенно для областей бывшего Новгородского края. Суффикс «-ёнок» (позже «-ёнк-») сначала обозначал сына или потомка: Щеголёнок — сын Щегла. Со временем это отчество застыло в фамилии, а форма на «-ова» указывает на жену или дочь Щеголёнкова.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Щеголёнков стоит в одном ряду с более распространёнными Щегловыми и Щеголевыми. Но «-ёнков» — это архаичная, диалектная черта, которая говорит о том, что предки носителей фамилии жили в местности, где сохранялись древние новгородские говоры. Встречается также написание через «а»: Щиголёнков, что отражает акающее произношение.

Прозвище Щеголёнок не было редким в крестьянской среде XVII–XVIII веков, но фамилия Щеголёнкова не попала в число массовых дворянских или купеческих родов. Скорее всего, её носители — потомки крестьян или посадских людей, получивших фамилию при переписях населения после отмены крепостного права. Географически фамилия тяготеет к Тверской, Новгородской, Псковской и Вологодской областям.