Фамилия Щербаненко — типичный пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко. Этот суффикс, означающий «маленький» или «сын», в XVI–XVII веках закрепился на востоке Украины как основной способ обозначения потомка по отцу. Щербаненко буквально — «сын Щербана» или «потомок Щербана».

Основа фамилии — прозвище Щербан. Оно восходит к слову «щерба» — зазубрина, выбоина, щербина. В восточнославянской антропонимии так называли человека с заметным дефектом — чаще всего с выбитым или сломанным зубом, реже со шрамом на лице. Прозвище было распространённым и не считалось обидным: в быту его давали по самой заметной внешней примете. Сравните с фамилиями Щербаков, Щербинин, Щербатых — все они из того же гнезда.

Менее вероятная, но встречающаяся в ономастике версия связывает Щербана с диалектным «щерба» в значении «уха» или «похлёбка». В этом случае прозвище мог получить любитель или варильщик такого блюда, но для фамилий на -енко первая версия — основная и логичная.

Географически Щербаненко — фамилия преимущественно центральной и левобережной Украины (Полтавщина, Черкащина, Сумщина). В XIX веке носители фамилии числились в основном казаками и государственными крестьянами. В реестрах Войска Запорожского встречаются Щербаны — оттуда и пошли многочисленные «енко»-ответвления. Фамилия не редкая, но и не массовая: её носители компактно живут на исторической территории, где суффикс -енко был нормой для всех сословий.

Если ваш предок носил фамилию Щербаненко, он почти наверняка был выходцем из украинской казацкой или крестьянской среды, а его отца или деда окружающие запомнили по щербине на лице. Никакой тайны или сложной этимологии — только живая примета, превратившаяся в фамилию.