Фамилия Щербанина — это женская форма, но в русской традиции она закрепилась и за мужчинами, хотя в современном паспортном учёте мужской вариант — Щербанин. Основа фамилии — слово «щерба», которое в старых говорах означало зазубрину, выбоину, щербину на лезвии или на посуде. Но прозвище Щерба давали не только тому, кто ходил со сколотым зубом или щербатым ножом. В новгородских и псковских землях «щербой» называли человека с рябым лицом после оспы — следы от болезни воспринимались как «щербины» на коже. Эта версия подтверждается тем, что в тех же краях бытуют фамилии Щербаков, Щербатых, Щербина, и все они восходят к одному корню.

Суффикс -ин указывает на притяжательную модель: «чей сын?» — Щербанин, то есть сын Щербы. В отличие от фамилий на -ов, которые преобладают в центральной России, -ин типичен для северных и северо-западных регионов. Это косвенно подтверждает, что предки Щербаниных могли жить в бывших новгородских пятинках или на Вологодчине, где прозвища с корнем «щерб-» фиксировались в писцовых книгах XVI–XVII веков. Словарь Веселовского упоминает крестьянина Щербу из Деревской пятины (1495 год), что ложится в хронологию.

Встречается и другая, менее вероятная версия: связь с украинским «щербань» — так называли человека с отбитым краем уха или носа. Но для русской фамилии Щербанина эта гипотеза спорна, так как суффикс -ин в украинской среде почти не используется, а форма Щербанина скорее указывает на великорусский ареал. Так что основная линия — прозвище по внешнему признаку, которое со временем превратилось в фамилию, закрепившуюся за потомками.