Фамилия Щербатько звучит так, будто за ней стоит нечто сломанное или неровное. И это ощущение не обманывает: в её основе лежит древнее прозвище, связанное с внешностью или характером.

Корень здесь — «щерб-», тот же, что в словах «щербина», «щербатый», «ощербиться». В старину «щербатым» называли человека с заметным дефектом — чаще всего с выбитым или сломанным зубом. Прозвище Щербатый или Щербак было очень распространено на Руси: его давали не только как бытовую характеристику, но и как охранительное имя (чтобы злые духи не позарились на ребёнка, которого назвали «неполноценным»). От этого прозвища образовались десятки фамилий: Щербаков, Щербинин, Щербатых, Щербатюк.

Суффикс «-ко» в фамилии Щербатько — типичный украинский или южнорусский уменьшительно-ласкательный. В украинской ономастике фамилии на -ко (Шевченко, Бондаренко, Ковалько) часто указывали на потомка или на человека с характерным признаком, но в уменьшительной форме. То есть Щербатько — это буквально «маленький щербатый» или «сын Щербатого». Такая модель была особенно популярна на Левобережной Украине, в Черниговской и Полтавской губерниях, а также в приграничных русских землях (Курская, Белгородская области). Именно там фамилия Щербатько встречается чаще всего и сегодня.

В отличие от более частотной фамилии Щербаков, которая закрепилась в северных и центральных регионах России, Щербатько сохранила местный, южный колорит. Она не попала в дворянские родословные книги и не ассоциируется с каким-то известным историческим родом — это типичная фамилия крестьянской или казачьей среды. Предки современных Щербатько скорее всего были людьми незнатными, но с метким прозвищем, которое пережило века.

Есть и вторая, менее вероятная, но не исключённая версия: прозвище могли дать не за зуб, а за характер — «щербатый» в переносном смысле означал неуживчивого, сварливого человека, у которого как будто «щербина» в душе. Однако большинство ономастов (в частности, ссылаясь на работы Б. Унбегауна) склоняются к первому, «зубному» значению, поскольку оно было основным в народной речи.